Permasalah DNA Barcoding pada Karang

DNA barkode merupakan sebuah pendekatan yang bertujuan untuk mengidentifikasi semua spesies yang saat ini telah dikenal, dan untuk menyediakan kriteria pengakuan spesies baru dengan menggunakan data berbasis DNA (SINGLETON, 2010). DNA barkoding adalah urutan basa-basa pendek yang mengkode gen, urutan basa ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies, karena setiap spesies memiliki urutan basa yang unik (Hebert et al., 2003a). DNA Barkode dapat menjadi sebuah pelengkap dan alternatif dalam taksonomi karang, yang akan memudahkan dalam mengidentifikasi bahkan hingga tingkat spesies, dibandingkan dengan hanya menggunakan metode identifikasi secara morfologi. Metode barkode juga dapat digunakan pada setiap stadia hidup (baik dari larva, juvenil maupun dewasa), karena tidak dipengaruhi oleh plastisitas fenotipik (Shearer dan Coffroth, 2006).

Gen Cytochrome C Oxidase I (COI) merupakan fragmen dengan panjang hanya sekitar 750 bp dari total 16 kbp gen mitokondria pada karang (Gambar 1). Gen ini telah banyak digunakan sebagai penanda genetik (genetic marker) pada berbagai taksa, di antaranya pada ikan seperti ikan nemo (Steinke et al., 2009), Crustacea (Costa et al., 2007), burung (Hebert et al., 2004b), kupu-kupu (Hebert et al., 2004a) dll.

Gambar 1.  Posisi gen COI pada DNA mitokondria karang Acropora nasuta (Fukami et al., 2000)

Akan tetapi hal ini tidak berlaku pada karang dan hewan yang berada dalam phylum cnidaria (Hebert et al., 2003b). Gen COI pada Cnidaria termasuk di dalamnya karang memiliki laju evolusi 10-20 kali lebih lambat, sehingga gen ini hanya mampu membedakan sampai level family saja (Erpenbeck et al., 2006). Alternatif lain yang dapat digunakan adalah Gen Internal Transcribed Spacers (ITS), yang merupakan fragmen dari gen ribosom. Meskipun panjang gen ini juga hanya sekitar 750 bp, akan tetapi laju evolusinya lebih cepat dari gen COI. Ini telah dibuktikan pada karang genus Goniopora oleh Zamani et al. (2010) yang menunjukkan bahwa penggunaan gen COI sebagai penanda genetik pada karang Goniopora relatif tidak mampu membedakan pada tingkat spesies, sedangkan gen ITS lebih mampu membedakan hingga tingkat spesies. Akan tetapi ini perlu dicoba pada genus karang yang lainnya.