Identifikasi Karang Favites abdita (Faviidae: Scleractinia) di Kepulauan Spermonde Sulawesi Selatan dengan Menggunakan Penanda Genetik Internal Transcribed Spacer (ITS)

Abstrak

Gen Mitokondria Cytochrome Oxidase subunit I (COI) telah banyak diaplikasikan pada berbagai taksa hewan sebagai penanda genetik (genetic marker). Akan tetapi, pada karang gen ini berbeda dengan hewan lainnya, yaitu relatif tidak mampu membedakan pada tingkat spesies, sehingga diperlukan penanda genetik lain yang lebih akurat. Pada penelitian ini, kami mencoba menggunakan penanda genetik Internal Transcribed Spacer (ITS), yang merupakan fragmen dari gen ribosom dengan panjang sekitar 750 bp. Gen ITS ini diamplifikasi menggunakan mesin PCR dengan primer universal untuk karang. Produk PCRnya kemudian disequensing, lalu diolah dengan menggunakan program MEGA 5. Sequen Favites abdita dari Kepulauan Spermonde tersebut kemudian dibandingkan dengan sequen dari berbagai daerah lain yang terdapat pada Bank Gen. Penanda genetik ini relatif mampu mengidentifikasi karang Favites abdita yang berasal dari Kepulauan Spermonde, serta membentuk pengelompokan terpisah terhadap karang dengan jenis sama, yang bersal dari lokasi lainnya (Singapura, Yaman dan Taiwan) pada jarak genetik 0,68%.

Kata Kunci:  Favites abdita, Internal Transcribed Spacer (ITS), Kepulauan Spermonde, penanda genetik

Keterangan : DEW = Pulau Dewakkang Lompo, BAR = Pulau Barrang Lompo, MAR = Pulau Marasende, S  = Singapura, Y = Al Mukallah (Gulf of Aden, Yaman), T = Penghu Island (Taiwan)

Andi Haerul¹⁾, Neviaty P. Zamani¹⁾, Dedy D. Solihin²⁾, Suharsono³⁾

andihaerulkelautan@gmail.com; +628988468004

¹⁾Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan (IKL), Institut Pertanian Bogor (IPB), Bogor

²⁾Departemen Biologi (BIO), Institut Pertanian Bogor (IPB), Bogor

³⁾Pusat Penelitian Oseanografi (P2O), Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Jakarta

Berikut Slide Powerpointnya

Disampaikan pada Seminar Tingkat Nasional, yang diselengarakan oleh Perhimpunan Biologi Indonesia (PBI) Cabang Jakarta, di FMIPA Universitas Indonesia Tanggal 28 Januari 2014