Metode Ekstraksi DNA Karang

Karang (coral) merupakan hewan unik yang masuk dalam phylum Cnidaria. Bila dilihat secara sepintas tubuhnya memang hanya berupa lendir, namun jangan salah itu juga tersusun atas tiga (3) lapisan yaitu endoderm, mesoderm, dan ektoderm. Akan tetapi dibalik kelembutan jaringannya, karang memiliki skeleton yang tersusun dari rangka kapur yang lumayan kokoh. Sehingga menyulitkan dalam proses ekstraksi DNA total (Genomnya)

Berikut saya akan sharing bagaimana proses ekstrasi genom karang (coral)

Dalam pengoleksian sampel jaringan/darah baik karang maupun organisme lainnya dari lapangan biasanya diawetkan dalam Ethanol. Saya merekomendarikan minimal menggunakan ethanol 97%, atau jika memungkinkan sebaiknnya menggunakan ethanol absolut (100%) akan tetapi harganya relatif mahal. Kelebihan penggunaan ethanol sebagai media preservasi/pengawetan sampel baik dari darah maupun dari jaringan adalah penyimpanannya tidak perlu pada freezer. Akan tetapi biasanya menjadi kendala apabila melakukan ekstraksi genomnya, karena harus dibebaskan terlebih dahulu dari ethanol yang dapat menghambat proteinase K. Satu lagi sob sebaiknya menggunakan media penyimpanan yang kedap udara agar ethanolnya tidak menguap.

Sebenarnya ada media preservasi yang yang lebih baik dari ethanol, karena bisa langsung dieksraksi genomnya. Akan tetapi dalam penyimpanannya harus mengguakan freezer. Media preservasi itu adalah EDTA

Bila sampel karang yang sobat akan ekstraksi disimpan dalam ethanol maka ikutilah langka berikut terlebih dahulu sebelum memasuki proses ekstraksi genom totalnya

Pembebasan dari Ethanol: Ambil serpihan karang yang masih terdapat jaringan polipnya, sekitar 2 mm³ (25 mg). Masukkan serpihan karang/jaringan karang tersebut ke dalam tube 1,5 ml, tambahkan aquadest secukupnya dan forteks selama 10 menit, centrifuge 12.000 rpm selama 1 menit, buang aquadesnya, lalu kering udarakan di atas tissue steril kering.

Bila sampel yang digunakan diawetkan dalam EDTA atau sampel segar langsung saja memasuki tahapan-tahapan ekstraksi DNA total (genom) karang di bawah ini

Ekstraksi dan Purifikasi DNA total (genom) Karang:

Untuk ekstraksi dan purifikasi DNA total (genom) karang kita dapat menggunakan kit ekstraksi untuk darah ataupun jaringan. Kit ekstraksi yang tersedia di pasaran sangat beragam namun yang pernah saya uji coba pada karang dan betul-betul berhasil adalah Qiagen Blood and Tissue dan GeneAid. Kali ini saya akan sharing metode ekstraksi DNA total (genom) karang dengan menggunakan kit Qiagen, tentunya dengan berbagai modifikasi sob.., untuk menyesuaikan dengan kondisi jaringan pada karang.

Tambahkan 180 µl buffer ATL, sambil dihaluskan (dengan menggunakan mortar atau Micro Smash atau cukup dengan menusuk-nusuknya dengan patzel di dalam tube)
Tambahkan 20 µl proteinase K, lalu forteks
Inkubasi pada suhu 56^OC selama 1 jam dengan diforteks setiap 15 menit
Tambahkan 200 µl Buffer AL, forteks, lalu flazh
Inkubasi pada suhu 56^OC selama 10 menit
Tambahkan 200 µl Ethanol absolut forteks dengan baik agar presifitasinya lebih bagus
Inkubasi pada suhu -20^OC selama 1 jam
Centrifuge 12.000 rpm selama 1 menit
Pindahkan supernatan ke Column
Centrifuge 8.000 rpm selama 1 menit
Buang cairan pada bagian bawah Column
Tambahkan AW1 500 µl
Centrifuge 8.000 rpm selama 1 menit
Buang cairan pada bagian bawah Column
Tambahkan AW2 500 µl
Centrifuge 14.000 rpm selama 3 menit
Buang cairan pada bagian bawah Column
Untuk optimasi: ganti bagian bawah Column dengan yang baru, lalu centifuge kembali 14.000 rpm selama 1 menit