Metode Sampling Terumbu Karang untuk DNA Barcoding

Karang dapat dikoleksi pada perairan dangkal cukup dengan snorkeling, dan pada perairan yang dalam menggunakan peralatan scuba diving. Koloni karang yang akan dikoleksi sebaiknya terlebih dahulu didokumentasikan dengan menggunakan kamera bawah air. Koloni karang seluas ±10x10 cm diambil dengan menggunakan pahat dan martil (untuk karang massive) atau sekitar ±5 cm untuk karang bercabang. Karang yang dikoleksi sebaiknya dilengkapi dengan data-data pendukung seperti titik koordinat, kedalaman perairan, suhu, dan kondisi lingkungan lainnya.

Sampel karang untuk tujuan analisis DNA Barcoding atau Biologi Molekuler disimpan (preserfasi) dalam ethanol absolut dengan menggunakan wadah steril yang kedap udara, agar ethanolnya tidak habis menguap. Sedangkan sampel karang untuk tujuan identifikasi morfologi direndam dalah sodiumhipoklorit selama sekitar 4 jam kemudian dibilas air tawar, agar semua jaringan hidupnya hilang. Setelah itu dikeringkan.
Hal yang tidak kalah pentingnya dalam pengoleksian sampel karang untuk tujuan apapun itu termasuk DNA Barcoding adalah masalah pelabelan. Pelabelan sangat penting karena akan memuat informasi penting pada sampel tersebut, pengoleksian karang dengan jumlah banyak akan sia-sia bila lokasinya tidak diketahui lagi, karena kesalahan atau kerusakan label. Gunakanlah label sebaik mungkin seperti spidol permanen, akan tetapi spidol permanen kurang tepat digunakan untuk sampel DNA Barcoding atau molekuler, karena mudah luntur jika terkena alkohol. Jadi gunakan selotip kertas yang tahan air, kemudian pada selotip itulah ditulisi kode sampel dengan menggunaan pensil sehingga akan tahan alkohol. Untuk sampel identifikasi morfologi pelabelannya dengan menggunakan kertas  tahan air (underwater paper), yang diikatkan pada sampel dengan menggunkan benang nilon.

Sampel untuk keperluan identifikasi morfologi direndam dalam sodium hypoclorite

Sampel karang untuk tujuan biologi molekuler selain diambil dalam bentuk fragmen, juga dapat dikoleksi dari telur atau sperma karang. Telur atau sperma karang ini dapat langsung memasuki tahap isolasi DNA atau untuk penyimpanan yang lebih lama harus disimpan dalam ethanol absolut atau freezer -20OC. Isolasi DNA karang akan lebih mudah jika diperoleh dari sel gamet karang (sperma atau telur) karena tidak perlu lagi digerus. Akan tetapi, kendalanya adalah harus menunggu karang tersebut memijah, padahal jadwal pemijahan karang belum banyak diketahui apalagi untuk karang-karang yang berada di perairan Indonesia

Sampel morfologi karang

Septa teeth pada karang

Sampel hewan karang untuk keperluan DNA Barcoding (genetik) juga dapat diperoleh dari museum yang telah diawetkan dengan alkohol

Botol sampel karang untuk analisis genetik: kedap udara berlabel yang tidak mudah luntur